Molecular diagnosis of avian viruses in grassland passerines and captive yellow cardinals Gubernatrix cristata in Brazil

ABSTRACT: Avian influenza viruses (AIVs), Newcastle disease virus (NDV), West Nile virus (WNV), adenovirus (AV) and herpesvirus (HV) play an important role in the health of human and animal populations. However, knowledge of the prevalence of these viruses in wild birds is restricted to some groups (e.g. shorebirds) or regions worldwide. Information on grassland birds of South America, which is essential for their conservation, is scarce. The objectives of the present study were to evaluate occurrences of AIV, NDV, WNV, AV and HV for the first time in a bird community of a unique protected area in southern Brazil, which is home for the critically endangered yellow cardinal (Gubernatrix cristata), and captive yellow cardinals from fauna maintainers of the Brazilian Captive Program of the Yellow Cardinal. Passerine species of wild life were caught, identified and samples (swabs) were collected from the oropharynx and cloaca of 64 passerines of 26 species (including 3 yellow cardinals) and 30 yellow cardinals of captive, for molecular diagnosis. The samples were subjected to RNA and DNA extraction and the real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) for AIV, NDV and WNV and nested PCR for AV and HV. One yellow cardinal of captive presented a positive result for AV, this result is important for planning, managing natural attributes and making decisions in relation to integrated conservation of threatened species. This is the first report of AV in yellow cardinal and epidemiological investigation of viruses in wild passerines of the Pampa biome, in Rio Grande do Sul, Brazil.

RESUMO: Os vírus da gripe aviária (VGA), vírus da doença de Newcastle (VDN), vírus do Nilo Ocidental (VNO), adenovírus (AV) e herpesvírus (HV) desempenham um papel importante na saúde das populações humana e animal. No entanto, o conhecimento da prevalência desses vírus em aves selvagens é restrito a alguns grupos (por exemplo, aves limícolas) ou regiões em todo o mundo. As informações sobre as aves campestres da América do Sul, essenciais para a sua conservação, são escassas. Os objetivos do presente estudo foram avaliar a ocorrência de VGA, VDN, VNO, AV e HV pela primeira vez em uma comunidade de aves de uma área única protegida no Sul do Brasil, que abriga o cardeal-amarelo (Gubernatrix cristata) criticamente ameaçado de extinção e em cardeais-amarelos de cativeiro dos mantenedores de fauna do Programa Brasileiro de Cativeiro do Cardeal-amarelo. Espécies de passeriformes silvestres foram capturadas, identificadas e amostras (swabs) foram coletadas da orofaringe e cloaca de 64 passeriformes de 26 espécies (incluindo 3 cardeais-amarelos) e 30 cardeais-amarelos de cativeiro, para diagnóstico molecular. As amostras foram submetidas à extração de RNA e DNA e à reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) para VGA, VDN e VNO e nested PCR para AV e HV. Um cardeal-amarelo de cativeiro apresentou resultado positivo para AV, este resultado é importante para o planejamento, manejo dos atributos naturais e tomada de decisões em relação à conservação integrada de espécies ameaçadas. Este é o primeiro relato de AV em cardeal-amarelo e de investigação epidemiológica de vírus em passeriformes silvestres do bioma Pampa, no Rio Grande do Sul, Brasil.

Molecular diagnosis of avian viruses in grassland passerines and captive yellow cardinals Gubernatrix cristata in Brazil / Diagnóstico molecular de vírus aviários em passeriformes campestres e cardeais-amarelos Gubernatrix cristata cativos no Brasil

Avian influenza viruses (AIVs), Newcastle disease virus (NDV), West Nile virus (WNV), adenovirus (AV) and herpesvirus (HV) play an important role in the health of human and animal populations. However, knowledge of the prevalence of these viruses in wild birds is restricted to some groups (e.g. shorebirds) or regions worldwide. Information on grassland birds of South America, which is essential for their conservation, is scarce. The objectives of the present study were to evaluate occurrences of AIV, NDV, WNV, AV and HV for the first time in a bird community of a unique protected area in southern Brazil, which is home for the critically endangered yellow cardinal (Gubernatrix cristata), and captive yellow cardinals from fauna maintainers of the Brazilian Captive Program of the Yellow Cardinal. Passerine species of wild life were caught, identified and samples (swabs) were collected from the oropharynx and cloaca of 64 passerines of 26 species (including 3 yellow cardinals) and 30 yellow cardinals of captive, for molecular diagnosis. The samples were subjected to RNA and DNA extraction and the real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) for AIV, NDV and WNV and nested PCR for AV and HV. One yellow cardinal of captive presented a positive result for AV, this result is important for planning, managing natural attributes and making decisions in relation to integrated conservation of threatened species. This is the first report of AV in yellow cardinal and epidemiological investigation of viruses in wild passerines of the Pampa biome, in Rio Grande do Sul, Brazil.(AU)

Os vírus da gripe aviária (VGA), vírus da doença de Newcastle (VDN), vírus do Nilo Ocidental (VNO), adenovírus (AV) e herpesvírus (HV) desempenham um papel importante na saúde das populações humana e animal. No entanto, o conhecimento da prevalência desses vírus em aves selvagens é restrito a alguns grupos (por exemplo, aves limícolas) ou regiões em todo o mundo. As informações sobre as aves campestres da América do Sul, essenciais para a sua conservação, são escassas. Os objetivos do presente estudo foram avaliar a ocorrência de VGA, VDN, VNO, AV e HV pela primeira vez em uma comunidade de aves de uma área única protegida no Sul do Brasil, que abriga o cardeal-amarelo (Gubernatrix cristata) criticamente ameaçado de extinção e em cardeais-amarelos de cativeiro dos mantenedores de fauna do Programa Brasileiro de Cativeiro do Cardeal-amarelo. Espécies de passeriformes silvestres foram capturadas, identificadas e amostras (swabs) foram coletadas da orofaringe e cloaca de 64 passeriformes de 26 espécies (incluindo 3 cardeais-amarelos) e 30 cardeais-amarelos de cativeiro, para diagnóstico molecular. As amostras foram submetidas à extração de RNA e DNA e à reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) para VGA, VDN e VNO e nested PCR para AV e HV. Um cardeal-amarelo de cativeiro apresentou resultado positivo para AV, este resultado é importante para o planejamento, manejo dos atributos naturais e tomada de decisões em relação à conservação integrada de espécies ameaçadas. Este é o primeiro relato de AV em cardeal-amarelo e de investigação epidemiológica de vírus em passeriformes silvestres do bioma Pampa, no Rio Grande do Sul, Brasil.(AU)

Evaluation of nonconformities related to sanitary regulations applied to clinical laboratories in public hospital in the city of Rio de Janeiro-RJ from November 2016 to November 2017 / Avaliação de não conformidades às normas sanitárias aplicadas a laboratórios intra-hospitalares públicos de análises clínicas na cidade do Rio de Janeiro (RJ) no período de novembro de 2016 a novembro de 2017

ABSTRACT The study presents the main nonconformities related to the sanitary regulations found in clinical laboratory analysis (CLA) attached to a public hospital in the city of Rio de Janeiro (RJ) from November 2016 to November 2017. The evaluation of the nonconformities related to sanitary conditions is fundamental to ensure the goals in improving quality control, increasing the reliability of the results generated and reducing health risks. Through the evaluation of 20 federal and municipal public health laboratories, it was possible to analyze the main sanitary nonconformities in the different laboratories phases (pre-analytical, analytical and post-analytical), evaluating, through Fisher's exact test, the frequency and trend distribution of reported nonconformities. One hundred percent (100%) of the clinical analysis laboratories presented at least, one nonconformity. Among those with the highest frequencies of nonconformity related to sanitary conditions are those related to the lack of standard operating procedures (SOPs), presenting 45.5% in clinical analysis laboratories of federal hospitals and 66.7% in clinical analysis laboratories of municipal hospitals. Moreover flaws in the cleaning, disinfection and sterilization processes, in equipments and in the presence of the technical manager (TM) throughout the working hours. Sanitary surveillance actions seek to provide health services to the population that comply with established quality standards, even though the identification of nonconformities subsidizes the adoption of corrective actions by the health establishment.

RESUMO Este estudo apresenta as principais não conformidades às normas sanitárias encontradas em laboratórios de análises clínicas (LAC) intra-hospitalares públicos localizados no município do Rio de Janeiro (RJ) no período de novembro de 2016 a novembro de 2017. A avaliação de não conformidades sanitárias é fundamental para garantir metas na melhoria do controle da qualidade, aumento da confiabilidade dos resultados gerados e diminuição de riscos em saúde. Por meio da avaliação de 20 laboratórios públicos, federais e municipais, foi possível analisar as principais não conformidades sanitárias nas diferentes fases laboratoriais (pré-analítica, analítica e pós-analítica), avaliando a frequência e a tendência da distribuição através do teste exato de Fisher. Os resultados evidenciaram que 100% dos LAC analisados apresentaram ao menos uma não conformidade; entre aquelas com maiores frequências de não conformidades sanitárias estão as relacionadas com inexistência de procedimentos operacionais padrão (POPs), apresentando 45,5% em LAC de hospitais federais e 66,7% em LAC de hospitais municipais, além de falhas nos processos de limpeza, desinfecção e esterilização, nos equipamentos e na presença do responsável técnico (TM) durante todo o horário de trabalho. As ações de fiscalização sanitária buscam a prestação de serviços em saúde à população que esteja de acordo com padrões de qualidade estabelecidos, ainda que a identificação de não conformidades subsidie a adoção de ações corretivas pelo estabelecimento de saúde.